Синодальный отдел по взаимодействию с Вооружёнными силами и правоохранительными органами более 15 лет осуществляет пастырское окормление военнослужащих ФУБХУХО и членов их семей. Под непосредственным руководством начальника Федерального Управления, генерал-полковника В.П.Капашина на всех объектах по уничтожению химического оружия обустроены храмы и часовни, установлены поклонные кресты, созданы все условия для пастырского окормления военнослужащих.

С 2013 года в ФУБХУХО ежеквартально издаётся журнал «Воспитательная работа», в каждом номере которого имеется раздел, посвящённый Православию. История Русской Православной Церкви, жития святых угодников Божиих, святоотеческие духовные наставления, публикуемые на страницах журнала, помогают военнослужащим и членам их семей познавать христианское учение и находить ответы на важные, волнующие их вопросы.