Отдел по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными органами (до 2013 года — учреждениями) был создан решением Священного Синода от 16 июля 1995 года. Ранее работа по взаимодействию с силовыми структурами осуществлялась Отделом внешних церковных связей. Первым председателем новообразованного Отдела стал епископ Красногорский Савва (ныне епископ Тираспольский и Дубоссарский).

В то время Отдел включал в себя учебно-методический центр, информационно-аналитическую службу и сектор особого пастырского служения. Взаимодействие нового Синодального учреждения с силовыми ведомствами и правоприменительной системой выстраивалась на основе взаимоотношений, подписанных Русской Православной Церковью с силовыми министерствами и ведомствами. В своей работе сотрудники Отдела получали помощь и поддержку со стороны командования Вооруженных сил и правоохранительных учреждений, а также офицеров, ответственных за воспитательную работу. Причины такого благосклонного отношения очевидны. Конкретные плоды пастырской работы в Вооруженных силах стали ощутимы с самых первых дней деятельности Отдела. Душепопечительская забота священнослужителей о личном составе благотворно повлияла на дисциплину и морально-психологический климат в коллективах, способствовала сокращению случаев неуставных взаимоотношениях в армии и нарушений режима в исправительных учреждениях.

Уже в первые годы взаимодействия с Вооруженными силами в армии были созданы условия для пастырской и катехизаторской работы духовенства и мирян Русской Православной Церкви. В воинских частях и подразделениях, появились молельные комнаты, во многих местах началось строительство храмов. Поскольку в то время в Российской Федерации официально не существовало института военных священников, пастырская работа в силовых структурах легла в епархиях на плечи обычных приходских священников. Они же были направлены в воинские подразделения, выполняющие свой долг в Чечне, Косово и других «горячих точках».

С самого начала существования Отдела его руководство уделяло особое внимание учебно-методической работе. Усилиями работников Отдела, сотрудников учебных заведений Русской Православной Церкви, епархиальных архиереев и руководства военных институтов и академий офицеры, осознавшие необходимость приобретения духовного образования, получили эту возможность. Центр духовного образования военнослужащих возник при Православном Свято-Тихоновском богословском институте (с августа 2004 года Православный Свято-Тихоновский Гуманитарный Университет), были учреждены факультеты Православной культуры в некоторых военных ВУЗах столицы и других городов России. Важным аспектом работы по взаимодействию с Вооруженными силами стало участие сотрудников Отдела в организации и проведении совместных научно-практический конференций, в которых принимали участие военнослужащие и священники, несущие послушание в армии.

Серьезной составляющей деятельности Отдела на протяжении многих лет было взаимодействие с Министерством Юстиции, в составе которого в настоящее время находится Федеральная Служба исполнения наказаний (ФСИН). Понимание того, что возможность осужденных и подследственных удовлетворять религиозные потребности является важной предпосылкой гуманизации условий отбывания наказания и содержания под стражей, подготовило заключение 28 августа 2003 года соглашение о сотрудничестве между Министерством Юстиции РФ и Русской Православной Церковью. В нем предусматривалась совместная деятельность по организации духовного окормления работников УИС и заключенных; участие в строительстве храмов и часовен, распространение духовно-нравственной и патриотической литературы, оказание гуманитарной помощи, организация лекций по основам Православия. После того, как решением Священного Синода от 5 марта 2010 года был создан Синодальный отдел по тюремному служению вопросы, касающиеся взаимодействия Церкви с учреждениями уголовно-исправительной системы (УИС) в субъектах Российской Федерации, были переданы в новообразованный синодальный орган.

Летом 2001 года произошла смена руководства Отдела. Новым председателем Отдела был назначен настоятель храма Благовещения Пресвятой Богородицы в Петровском парке протоиерей Димитрий Смирнов, при котором основные векторы работы Отдела получили свое дальнейшее развитие: была реформирована структура Отдела, возникли новые направления деятельности, активизировалась информационно-издательская работа, взаимодействие с силовыми структурами, в особенности после начала возрождения в 2009 году института штатного военного духовенства, приобрело системный характер.

Новые изменения в руководстве Отдела произошли в начале 2013 года. 13 марта 2013 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви был заслушан рапорт председателя Синодального отдела по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями протоиерея Димитрия Смирнова, который подал рапорт с просьбой освободить его от должности председателя указанного отдела (журнал № 24). Члены Синода удовлетворили просьбу, выразив благодарность отцу Димитрию за понесенные многолетние труды. Исполняющим обязанности председателя Синодального отдела по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными учреждениями назначен протоиерей Сергий Привалов.

Решением Священного Синода от 4 апреля 2019 года (журнал № 28) протоиерей Сергий Привалов был избран викарием Святейшего Патриарха Московского и всея Руси с титулом «Клинский». 9 апреля 2019 г. в Никольском храме Новоспасского ставропигиального монастыря г. Москвы наместником обители епископом Воскресенским Дионисием о. Сергий был пострижен в монашество с наречением имени Стефан в честь преподобного Стефана исповедника, игумена Триглийского, а 11 апреля возведен в сан архимандрита. 20 апреля 2019 г. состоялось наречение архимандрита Стефана во епископа Клинского, а на следующий день была совершена архиерейская хиротония.

13 апреля 2021 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви епископ Клинский Стефан был освобожден от должности председателя Синодального отдела, с выражением благодарности за понесенные труды. Председателем Отдела назначен епископ Тарский и Тюкалинский Савватий, с освобождением его от управления Тарской епархией и выражением благодарности за понесенные архипастырские труды. Преосвященному Савватию определено быть епископом Бронницким, викарием Святейшего Патриарха Московского и всея Руси (журнал №3).

В настоящее время Новая структура Отдела включает в себя 10 секторов по взаимодействию с видами и родами Вооруженных сил, а также войсками и воинскими формированиями не входящими в состав Вооруженных сил (секторы Сухопутных войск, ВМФ, ВВС, РВСН, ВКО, ВДВ, Внутренних войск МВД, Пограничной службы ФСБ России, Федеральной таможенной службы, Федеральной службы охраны), 5 секторов по направлениям деятельности (секторы организационно-мобилизационный, информационно-издательский, информационно-аналитический, учебных заведений, общественных связей), сектор по взаимодействию с Министерством внутренних дел.

На сегодняшний день в задачи Отдела входят осуществление взаимодействия Русской Православной Церкви с Вооруженными силами Российской Федерации, правоохранительными органами, воинскими частями и иными воинскими формированиями на территории Российской Федерации, а также координация и практическое осуществление пастырской и духовно-просветительской деятельности среди военнослужащих, сотрудников правоохранительных органов, членов их семей.

Для решения поставленных задач Отдел:

— представляет Русскую Православную Церковь в ее взаимоотношениях с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими частями;

— информирует Патриарха и Священный Синод о событиях и мероприятиях, происходящих в сфере деятельности Вооруженных Сил Российской Федерации, правоохранительных органов и затрагивающих интересы Русской Православной Церкви;

— представляет Патриарху и Священному Синоду материалы и рекомендации для выработки позиции и принятия решений, касающихся взаимодействия Русской Православной Церкви с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями, а также пастырской и духовно-просветительской деятельности среди военнослужащих, сотрудников правоохранительных органов и членов их семей;

— координирует взаимодействие канонических подразделений Русской Православной Церкви с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями;

— координирует практическую деятельность по пастырскому окормлению, духовному просвещению и воспитанию военнослужащих, сотрудников органов военного управления и правоохранительных органов, членов их семей;

— координирует, в контакте с епархиальными архиереями вопросы взаимодействия канонических подразделений епархий с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями;

— осуществляет церковно-общественную деятельность в сфере, имеющей отношение к деятельности Отдела, в том числе в области науки, культуры, образования, патриотического воспитания, взаимодействия со средствами массовой информации;

— содействует иным общецерковным учреждениям Русской Православной Церкви — епархиям, приходам, монастырям и другим каноническим подразделениям Русской Православной Церкви в осуществлении связей, имеющих отношение к деятельности Отдела;

— в случае необходимости, по благословению Патриарха и Священного Синода и в контакте с епархиальными архиереями непосредственно осуществляет пастырскую, духовно-просветительскую и церковно-общественную деятельность среди военнослужащих, сотрудников органов военного управления и правоохранительных органов, членов их семей;

— взаимодействует в пределах своей компетенции с духовными образовательными организациями в области подготовки кадров священнослужителей и мирян, занятых пастырской и духовно-просветительской деятельностью; участвует в создании специальных курсов, кафедр, факультетов и других подобных структур духовных образовательных организаций;

— ходатайствует перед Патриархом и Священным Синодом об обращении в органы государственной власти с целью решения вопросов, затрагивающих сферу деятельности Отдела;

— обеспечивает протокол при проведении официальных мероприятий в рамках деятельности Отдела.

Для выполнения указанных задач Отдел вправе:

— запрашивать, в пределах своей компетенции, у канонических подразделений Русской Православной Церкви программы, планы и иную информацию, связанную с деятельностью Отдела;

— направлять в епархии Русской Православной Церкви методические пособия и рекомендации по взаимодействию с органами военного управления, правоохранительными органами и воинскими формированиями;

— осуществлять руководство священнослужителями, проходящими постоянное или временное послушание в Отделе, — в части исполнения ими должностных обязанностей по пастырскому окормлению военнослужащих, сотрудников правоохранительных органов, членов их семей, в случае необходимости, по согласованию с епархиальными архиереями командировать таких священнослужителей в воинские части, находящиеся на территории епархий Русской Православной Церкви;

-выносить на рассмотрение Патриарха и Священного Синода вопросы деятельности Отдела.

Отдел также имеет право:

— совершать богослужения и иные религиозные обряды и церемонии;

— обучать основам православной веры последователей православного вероучения и осуществлять их религиозное воспитание;

— приобретать, распространять или реализовывать религиозную литературу и иные предметы религиозного назначения;

— осуществлять издательскую деятельность;

— осуществлять благотворительную деятельность;

— проводить семинары, совещания, круглые столы по вопросам, относящимся к компетенции Отдела;

— участвовать в хозяйственных обществах;

— учреждать собственные средства массовой информации;

— создавать на территории Российской Федерации и за рубежом свои филиалы и представительства.